找到了游戏等人。游戏等人进入了虚拟世界，与海马汇合。

　　面对五巨头召唤的「五神龙」，游戏与海马共同战斗，游戏将自己的「混沌战士」和海马的「青眼究极龙」融合诞生了「究极龙骑士」，成功击败了「五神龙」。

　　乃亚篇

　　发生在决斗都市8强比赛后前往半决赛的地方的时候，突然从海底浮出了巨大的要塞阻止了众人的前行。作为海马濑人的养父海马刚三郎的亲生儿子乃亚，因为对海马逼死了他的父亲而怀恨在心，所以他将海马等人劫入要塞并由连接终端拖入一个虚幻的电脑世界里进行决斗，想要报一箭之仇。在那个世界里危机重重，之前被困在虚拟世界的海马集团五巨头也为乃亚效力，在各处埋伏，想要夺取他们的身体回到现实世界。海马在与乃亚的决斗中为了能够救弟弟海马圭平而放弃打败乃亚的机会被变成石像，暗游戏接替海马继续进行决斗。在决斗的过程中朋友们都被变成石像，但游戏仍然相信彼此的羁绊，最终打败了乃亚。其后海马也打败了潜藏于电脑世界的海马刚三郎，使大家脱离了危险。[8]

　　多玛篇

　　一万年前，亚特兰蒂斯得到了名为「山铜」的物质，创造了伟大的文明。但「山铜」的力量却让人们慢慢变得腐朽，最后成为怪物，国王达姿在亲手斩杀变成怪物的王后之后，自己也成为了「山铜」的代理人，将亚特兰蒂斯毁灭。

　　在「决斗都市」大赛获胜的武藤游戏带着3张神之卡在记忆石板前准备进行仪式，但石板却被黑暗力量冰封，其后神秘组织「多玛」的「三剑客」突然出现并抢去了神之卡。游戏等人面对无法破坏的「山铜结界」处境非常艰难。

　　「多玛」组织的目的是利用一万年前出现的「山铜」的力量，使用「山铜结界」夺取决斗败者的人的灵魂为祭品，从而使潜藏于地球深处的黑暗之神苏醒，实现最终目的——清洗整个腐朽的世界。世界发生了异象，游戏也遭受到袭击。游戏在梦中受到决斗怪兽精灵「黑魔术少女」的引领，获得了「传说之龙蒂迈欧」的力量。

　　得到了帕加索斯邀请，游戏与伙伴踏上了美国的土地。在此期间城之内和海马相继获得了「传说之龙」的力量。帕加索斯将1张「无名之卡」叫给了游戏，提示会解开「传说之龙」真正面目。

　　暗游戏在与「三剑客」之一的拉斐尔的决斗中迷失了自我，发动了「山铜结界」，将「蒂迈欧」消灭，身怀黑暗的他最终被拉斐尔打败，在灵魂即将被封印之际，表游戏用「千年积木」打破结界，代替了暗游戏接受封印。愤怒的暗游戏踏上寻找伙伴的旅程。最终得到了达姿的父亲铁心和女儿克里斯的帮助，重新复活了「传说之龙蒂迈欧」。在

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